QIIME是一個開源的生物信息學管道，用于從原始DNA測序數據中進行微生物組分析。QIIME旨在從Illumina或其他平臺生成的原始測序數據中獲取高質量的圖形和統計數據，包括質量過濾、OTU聚類、OTU注釋以及多樣性分析和可視化。
QIIME是一個流水線的管道結構依賴很多軟件和包，因此安裝比較麻煩。
Windows系統通過安裝QIIME虛擬機（QIIME VirtualBox），在Ubuntu Linux虛擬機中提供功能完整的QIIME安裝來解決這個安裝困難。
這里我們主要介紹在Linux系統的安裝。
1、安裝Miniconda
Miniconda是一個Python發行版、包管理器和虛擬環境解決方案。雖然QIIME 1是Python 2軟件，但我們建議使用Python 3 (miniconda3)安裝Miniconda，因為許多生物信息學軟件包現在都在向Python 3過渡。在創建新環境時，仍然可以通過傳遞Python=2.7標志來使用miniconda3安裝Python 2軟件；否則，Python的默認版本將是python3。
（1）下載最新版miniconda3
wget -b https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
（2） 運行安裝程序
sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
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按提示操作：回車查看許可協議，空格翻頁，輸入yes同意許可；
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默認安裝目錄為你的家目錄下~/miniconda3目錄，可輸入安裝目錄或回車按默認安裝；
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安裝結束時提示是否添加至你的環境變量~/.bashrc，這里選擇no。原因：選yes可直接將conda3環境加入環境變量的最高優先級，使用方便，但python3變為默認環境，破壞之前依賴的python2的軟件環境。選擇no不添加保證之前軟件安裝環境不變，但運行conda及相關程序時，需要運行一條命令臨時添加$miniconda3/bin/目錄至環境變量。
如果同意添加環境變量，完成后關閉當前終端，新打開一個終端繼續操作才能生效。
（3）將conda臨時添加環境變量
export PATH=$miniconda3/bin:$PATH
（4）升級conda為最新版，新版的bug最少，碰到問題的機會也少
conda update conda
miniconda安裝成功后進行QIIME的安裝。
2、創建qiime1環境并安裝QIIME
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
1) qiime1為conda安裝環境
2) 因為安裝的時Miniconda3，所以默認python版本為3，這里指定安裝的python版本為2.7
3) 指定matplotlib版本matplotlib=1.4.3，默認安裝最高版本
4) 安裝過程種會從anaconda或bioconda下載三方數據包，網址如下：
https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/
https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64/
注意：在國內bioconda下載較大的數據包時，經常會斷，導致安裝失敗，可以自己先下載好需要從bioconda下載的數據包，這樣也可以加快安裝速度。下載的包放到./miniconda3/pkgs/目錄下，并補充./miniconda3/pkgs/urls.txt，這樣安裝的時候就會自動跳過這些安裝包的下載。
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輸入y同意安裝數據包，數據包未成功安裝的重新運行可以再次安裝。
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3、激活qiime1環境和測試QIIME是否安裝成功
source activate qiime1 #激活安裝環境
print_qiime_config.py -t #檢查是否安裝成功
QIIME運行成功，顯示如下信息：
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4、在使用Miniconda安裝之后，任何時候您想使用QIIME，都需要使用這個命令重新激活qiime1環境
source activate qiime1
5、要退出虛擬環境，只需運行deactivate命令
source deactivate
參考QIIME官網安裝說明：
http://qiime.org/install/install.html#using-qiime-after-installation-with-miniconda
親們，
今日份的干貨分享就到此結束啦！
QIIME2安裝教程，
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