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        1. 2019-07-23瀏覽量:2820

          『小技能分享』QIIME1安裝教程奉上,請查閱!

          QIIME是一個開源的生物信息學管道,用于從原始DNA測序數據中進行微生物組分析。QIIME旨在從Illumina或其他平臺生成的原始測序數據中獲取高質量的圖形和統計數據,包括質量過濾、OTU聚類、OTU注釋以及多樣性分析和可視化。

          QIIME是一個流水線的管道結構依賴很多軟件和包,因此安裝比較麻煩。

          Windows系統通過安裝QIIME虛擬機(QIIME VirtualBox),在Ubuntu Linux虛擬機中提供功能完整的QIIME安裝來解決這個安裝困難。

          這里我們主要介紹在Linux系統的安裝。


          1、安裝Miniconda

          Miniconda是一個Python發行版、包管理器和虛擬環境解決方案。雖然QIIME 1是Python 2軟件,但我們建議使用Python 3 (miniconda3)安裝Miniconda,因為許多生物信息學軟件包現在都在向Python 3過渡。在創建新環境時,仍然可以通過傳遞Python=2.7標志來使用miniconda3安裝Python 2軟件;否則,Python的默認版本將是python3。

           

          (1)下載最新版miniconda3

          wget -b https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

           

          (2) 運行安裝程序

          sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

           


          按提示操作:回車查看許可協議,空格翻頁,輸入yes同意許可;

           

           

          默認安裝目錄為你的家目錄下~/miniconda3目錄,可輸入安裝目錄或回車按默認安裝;

           

           

          安裝結束時提示是否添加至你的環境變量~/.bashrc,這里選擇no。原因:選yes可直接將conda3環境加入環境變量的最高優先級,使用方便,但python3變為默認環境,破壞之前依賴的python2的軟件環境。選擇no不添加保證之前軟件安裝環境不變,但運行conda及相關程序時,需要運行一條命令臨時添加$miniconda3/bin/目錄至環境變量。

          如果同意添加環境變量,完成后關閉當前終端,新打開一個終端繼續操作才能生效。

           

          (3)將conda臨時添加環境變量

          export PATH=$miniconda3/bin:$PATH

           

          (4)升級conda為最新版,新版的bug最少,碰到問題的機會也少

          conda update conda

          miniconda安裝成功后進行QIIME的安裝。

           

          2、創建qiime1環境并安裝QIIME

          conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

          1) qiime1為conda安裝環境

          2) 因為安裝的時Miniconda3,所以默認python版本為3,這里指定安裝的python版本為2.7

          3) 指定matplotlib版本matplotlib=1.4.3,默認安裝最高版本

          4) 安裝過程種會從anaconda或bioconda下載三方數據包,網址如下:

          https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/

          https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64/

           

          注意:在國內bioconda下載較大的數據包時,經常會斷,導致安裝失敗,可以自己先下載好需要從bioconda下載的數據包,這樣也可以加快安裝速度。下載的包放到./miniconda3/pkgs/目錄下,并補充./miniconda3/pkgs/urls.txt,這樣安裝的時候就會自動跳過這些安裝包的下載。

           

           

          輸入y同意安裝數據包,數據包未成功安裝的重新運行可以再次安裝。

           


          3、激活qiime1環境和測試QIIME是否安裝成功

          source activate qiime1 #激活安裝環境

          print_qiime_config.py -t #檢查是否安裝成功

           

          QIIME運行成功,顯示如下信息:

           


          4、在使用Miniconda安裝之后,任何時候您想使用QIIME,都需要使用這個命令重新激活qiime1環境

          source activate qiime1

           

           

          5、要退出虛擬環境,只需運行deactivate命令

          source deactivate

           

          參考QIIME官網安裝說明:

          http://qiime.org/install/install.html#using-qiime-after-installation-with-miniconda

           

          親們,

          今日份的干貨分享就到此結束啦!

          QIIME2安裝教程, 

          期待下期精彩推送~ 

          小伙伴們,

          想加點能量,充點電的,

          就來銳翌暑期大課堂吧~

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