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        1. 2019-09-02瀏覽量:2854

          【工具貼】iPath3 通路展示(一)

          iPath(interactive Pathways Explorer)是一款可視化的通路圖在線分析工具??梢允褂肒EGG KOs、COGs、EC號等來改變代謝通路的顏色、寬度和不透明度。iPath中的所有映射都可以很容易地轉換為各種位圖和矢量圖形格式,以便輕松地保存在文檔中或進行下一步的處理。

          其官網為https://pathways.embl.de/

           

          iPath 3.0版本提供四種不同的全局概覽圖:

           

           

          1. Metabolic pathways(代謝途徑)

          2. Biosynthesis of secondary metabolites(次生代謝產物的生物合成)

          3. Biosynthesis of antibiotics (抗生素的生物合成)

          4. Microbial metabolism in diverse environments(不同環境下的微生物代謝)

           

          iPath中點表示各種化合物,線表示一系列酶反應??捎糜诟鞣N特定反應的可視化,并且可手動創建通路圖。下圖是iPath的用戶界面的主要部分:

           

           

          1.主圖顯示當前選中的地圖。使用左上角的圖標來縮放,或者使用鼠標滾輪進行縮放移動。

          2.通路圖選擇菜單,可實現iPath中可用的各種通路圖之間切換。

          3.縮放控件。你也可以通過使用鼠標滾輪來改變縮放級別。

          4.通路圖搜索按鈕。

          5.自定義圖形展示參數。

          6.選擇保存。任何保存的選擇都可以被恢復或永久保存。

          7.詳細信息。單擊通路圖的任何元素以查看相關數據的詳細信息。

           

          Customize它提供所有可用的自定義選項。

          1、如果想顯示某個通路信息,如map00010,可將其輸入至Element selection中,然后單擊“Submit data”,即可顯示關注的通路。

           

           

          map默認使用紅色,如需調整可點擊紅色區域,即可出現顏色選擇窗口,選擇合適顏色,單擊確定。

           

           

          2、如果想顯示多個通路或化合物。將需在通路圖中顯示的各個元素及其相應的自定義的參數(即通路圖中的每個節點和邊都有與之相關聯的各種類型的數據)輸入“Element selection”中。

           

           

          也可點擊“Show advanced options”按鈕顯示隱藏選項中的“Upload selection file”,將各個元素及其相應的自定義的參數的文件導入。元素的每一行必須以ID開頭,其后跟一個或多個自定義參數,目前可支持多種類型的ID類型。

           

           

          示例如下:

          C00001 #0000ff W20 0.5

          K01001 #00ffff

          R01148 #ff0000 W10


          三種自定義參數分別是:

          顏色:可以是指定的十六進制、RGB或CMYK的符號(如#ff0000, RGB(255,0,0)或CMYK(0,100,100,0));

          寬度:W后跟一個數字,用于定義節點半徑的或線的寬度;

          透明度:0(完全透明)和1(完全不透明)之間的數字。

           

          1.設置參數后,點擊“Submit data”,在“SELECTION MATCH STATTISTICS”輸出框中顯示匹配的相關信息,同時可以看到導入ID的通路按照定義的方式顯示,其它的通路則變成灰色??赏ㄟ^通路圖左上角的“平移和縮放控件”移動或放大縮小通路圖來查看信息。

           

          注:C00001將被著色為藍色(0000ff),半透明(不透明度為0.5),并且有寬度/半徑20 px(W20)。K00824相關聯的元素將被著色為青色(00ffff),完全不透明并使用默認寬度。與R09112相關聯的元素將被著色為紅色(ff0000),完全不透明,并且有寬度/半徑10 px(W10)。

           

           

          如圖所示,點擊紅色區域的任意處,可顯示與R01148相關的各種信息。

           

          2.當然還有其他參數設置,如默認節點半徑,線的寬度背景顏色,還可選擇顯示查詢ID的全部pathways及modules。


           

          可以利用“Selection saving”設置標題(如圖中設置的標題test1),同時所有參數將存儲在服務器上。在提交選擇元素后,可通過“Saved selections”標簽進行訪問。

           

          3.對于設置的標簽文件,我們可以通過點擊圖標來添加到時間序列中,進而通過下方的按鈕進行播放,暫?;蚪K止,以及清除播放序列。“Duration”為播放時間,以秒為單位。

           


          4.圖形的輸出保存

          使用“Export”對檢索的到的通路相關元素進行保存,圖片的保存可支持多種格式,png、eps、pdf、svg。

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