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        1. 2019-09-24瀏覽量:1916

          【工具貼】iPath3通路展示(二)

          上次講解了iPath3的一部分功能,回顧詳情請戳——>【工具貼】iPath3 通路展示(一),今天再展示一些其它的功能:單獨搜索、合并檢索、iPath賬戶記錄。

           

          單獨搜索

          例如在搜索框中輸入phosphate,可在搜索結果框中顯示所有匹配結果,可根據Hits個數進行排序,也可在Filter框中進行過濾,點擊列表中的任意一行,即可在主圖中顯示相關的通路信息,可在“Highlight color”中設置顯示的顏色,如果想取消顏色顯示,點擊“Clear highlights”即可。

          點擊所選行右側的加號,可將其添加至Customize中,之后可進行參數修改并保存。

          可被識別的搜索標識符主要有

          • Compounds

          • Pathways

          • Orthologous groups

          • Modules

          • Enzymes

          • Reactions

           

          合并檢索

          ipath提供了去重功能,在“Tools”中有多個工具框,如“ID overlap”可支持檢索的列表中含有相同ID,其具有去除重復的功能,我們還可以點擊右側的參數設置按鈕,進行個性化設置,比如獨有ID的顏色、共有ID的顏色、線的寬度、透明度,以及進行檢索的通路圖。

          兩個列表中分別輸入10個KO,其中有4個重復,點擊按鈕,進行檢索,然后在主頁面中顯示檢索內容,可以看到檢索的ID個數減少了4個,且共有ID顯示為青色。

          此外,iPath還可以對比不同物種之間共有及特有KO,但是物種檢索名稱必須為KEGG中物種的名稱或者NCBI中數值型分類ID(如下圖),同樣,也可以進行個性化參數設置,然后提交。

           

           

          iPath賬戶記錄

          1. 可以在iPath中創建一個賬戶,將分組放在不同的項目中,這些項目可以被安排到不同的工作空間中,并從任何瀏覽器訪問它們。單擊右上角的“Login”或“Register”,進行登錄或注冊。

           

          2. 點擊右上角的下箭頭可以添加項目、工作區域。

           

          3. 對于我們已經設定標簽的檢索,可以點擊按鈕,將其保存在已設定的工作空間以及項目中。

           

          4. 保存后,可以通過鼠標拖動改變儲存的工作空間及項目,還可以點擊右側按鈕進行編輯。

           

          5. 帳戶中的任何元素選擇都可以通過一個特殊的URL來共享,這個URL可以通過彈出的“Share selection”來訪問。

          或者,可以共享完整的項目。在項目選項中使用“Toogle project sharing”功能來改變共享狀態。共享項目將在標題前面顯示共享圖標。

           

          6. 將您的登錄ID發送給您的合作者,他們可以將其輸入到“Share”框中,以查看所有共享項目。他們將能夠保存元素選擇,但不能進行修改或刪除。


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